位于新界大埔洞梓占地约50万平方呎的慈山寺，在建造期间，因为负责施工的俊和工程公司与李嘉诚的长实集团就工程改动所需的额外费用发生纠纷，双方两年前一度对薄公堂，而有关寺院建造材料之精挑细选，以及一个盛传足可抗御炸弹和子弹的私人禅修室，亦因此而曝光。
据苹果日报引述慈山寺秘书长倪启瑞表示，寺方有必要限制入寺人数，不接待旅行团，目的要“保持番寺庙清幽，另外面对附近居民，如果太多人流，会对附近居民有影响”。他补充预约入寺要选定时段，分八个时段分散人流，参观者可参加抄经、供水和行禅等活动。
报导指，寺方近日安排传媒入内参观，包括盛传是李嘉诚专用的私人禅修室。该房间位于寺内三座僧寮其中一座之内，睡房连洗手间面积约300平方英呎，布置淡雅简朴，放置一张双人床、一部电视机。门窗有防弹玻璃，洗手间作为“安全房”。
据记者观察，洗手间木门内嵌钢板，异常厚重，大力才能推动，墙身明显加厚。主人房注重对外联络，有3台电话，洗手间墙身有按键式警报器，将紧急讯息传至保安或控制中心。
根据慈山寺的设计和造像顾问何培斌教授的介绍，以及上述工程费用官司案的法院文件显示，寺庙用料豪华，木材采用从非洲进口紫檀木兴建，大雄宝殿三尊大佛的莲花状宝盖镀上24K金。而屋顶采用日本烧造银瓦，确保色泽均匀。何培斌指，全寺部份摆设价值难以估算，例如2012年斯里兰卡总统送赠佛陀悟道处的菩提圣树折枝，从敦煌莫高窟以精密仪器拍摄，复制出“弥勒经变”、“文殊经变”和“普贤经变”壁画。
报道引述倪启瑞表示，他否认寺庙过于豪华，强调寺院模仿唐代设计，亦希望犹如学院帮助市民学习佛法。他说：“佛法在东方琉璃世界非常之清凉，而西方的世界是黄金为地，佛法有很多不同法门，我们希望提供适宜环境给人学习”。
倪启端亦否认寺院特别为李嘉诚打造私人禅修室的说法，设计也非李嘉诚授意，而是由建筑团队构思。不过报导引述资料显示，建寺工程正是由长实发展部承担。倪说，高设防房间是用作招呼大长老、僧王，但拒绝透露保安投资额。李嘉诚曾到场观察，亦参加法会，但暂时没有入住。
据法广
